Komplek makmal sains merupakan kemudahan yang disediakan seiring dengan pembukaan Kolej Matrikulasi Kedah.
Unit makmal sains terdiri daripada 7 unit makmal Kimia, 5 unit Makmal Biologi dan 7 unit makmal Fizik dan Taman Sains. Unit Makmal mula beroperasi serentak dengan pengambilan pertama pelajar KMK pada 1 April 2003 dengan 6 orang Pembantu Makmal Kanan dan 3 orang Pembantu Makmal. Jumlah kakitangan makmal bertambah dan bersilih ganti seiring dengan pertambahan pelajar dan kuota kakitangan makmal. Kini kakitangan KMK terdiri daripada 1 orang Ketua Pembantu Makmal, 2 Orang Pembantu Makmal Kanan, 7 orang Pembantu Makmal dan 4 orang Pembantu Am Pejabat. Makmal sains KMK mampu menampung lebih dari 3000 orang pelajar pada satu-satu sesi. Unit Makmal Sains berada dibawah pentadbiran Jabatan Sains KMK.